這是科學界第一次使用細菌遺傳學來解釋人類的遷徙，亦即“這是第一篇專門將細菌用於人類遷徙模式的論文” ，愛爾蘭科克大學的遺傳學家Mark Achtman在談論他的論文 “從細菌的角度看太平洋的人口分布”時說道。 他在研究中使用的細菌是人類病原體---幽門螺旋桿菌，六萬年前當人類離開非洲的時候，這個細菌就存在我們體內一直到現在。

 

太平洋的島嶼分別由兩個不同的族群佔據。 美拉尼西亞人早在5萬年前就抵達並分布在澳大利亞，新幾內亞和所羅門群島。 南島人在更晚的五千年前到達，分布在太平洋其他地區，甚至分布到印度洋。 關於南島民族起源的討論成為遺傳學家中甚為複雜及有爭議的議題，特別是在俾斯麥群島這個區域，包括萬那杜，東加和薩摩亞。 由於它鄰近新幾內亞和所羅門群島的傳統美拉尼西亞區域，至少有兩種關於南島民族起源的理論，一種是“出台灣說”，另一種是“出巽他說”。 30年前由澳大利亞國立大學考古學家彼得·貝爾伍德提出的“出台灣說”，基本上獲得語言和考古證據的支持，現在已經成為主流學說。

 

Achtman在研究中使用的人類消化道細菌，幽門螺旋桿菌 (Helicobacter pylori)，可分為南島和美拉尼西亞兩種不同的菌株。在南島發現的菌株為 “hspMaori”，在美拉尼西亞發現的菌株為 “hpSahul”，兩種菌株的分布很少有重疊的情形。這種現象可能是由於這兩個群體之間很少接觸。在Achtman的研究中，研究人員從台灣和澳大利亞土著居民的胃裡面，新幾內亞的高地居民以及新喀裡多尼亞的美拉尼西亞人和波利尼西亞人收集了212種不同的細菌種群樣本。他們將這些樣本與來自歐洲人，亞洲人和太平洋島民的樣本進行比較。他們發現，波利尼西亞人民的消化道細菌樣本以及從新喀裡多尼亞到薩摩亞的島嶼的單體型與台灣土著人的樣本相似。因此，我們可以得出這樣的結論：寄生蟲和寄主一起從台灣出來。相對地，這個細菌研究並不支持 “出巽他說”。

 

另一個重要的特點是台灣的細菌種群比波利尼西亞的細菌種群具有更多的遺傳多樣性，因為離開的人口總是少於留下的人口。 這個解釋也可以用於語言學的研究。 針對南島人的語言學研究已經發現了類似的現象。 多達1200種語言組成的南島語族，可分為10個子群。 其中，台灣有9個子群。 在太平洋和印度洋所講的所有其他語言屬於另一個子群。 台灣的語言多樣性正在描繪一個有趣的現象，離開的人口總是少於留下的人口，這個說法一樣適合解釋語言學和遺傳學的發現。圖表

 

發表於2009年，羅素格雷博士關於南島語比較語言學的論文也得出了類似的結論，也是支持“出台灣說”的理論。 在 “語言的系統演化顯示太平洋移民的擴張和停頓”一文中，研究人員使用400個南島語言的210個詞彙以電腦演算方法進行分析，得出“南島語言的系統樹大約在5230年前發源於台灣”的結論。格雷博士 甚至提出影響南島民族遷徙之停頓和擴張的因素; 獨特的技術和船隻可能是決定性因素。台灣的首次遷徙，可能由於擁有舷外支架獨木舟和有效操控船帆的技術。第二次遷徙可能是由於更穩定的雙體船和先進的天文學航海知識，才能航向更廣闊的太平洋。

 

從上述兩篇不同學科的論文，卻得到與30年前由彼得·貝爾伍德提出的 “出台灣說” 相同的結論。 而且不僅得到上述兩個學科的支持，越來越多其他學科的的發現也都支持這個理論。 例如構樹在太平洋的分佈，紅陶器和玉器的考古發現， 相關論文請見 英文版 連結。

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圖表.  南島語言系統樹